Personnellement je range mes pierres dans des petits casiers en bois (à l'origine c'est une étagère pleine de petites cases, mais moi je la pose à plat sur un meuble). Je les range par couleurs et ne mets ensemble que les pierres identiques.
Je pense qu'il vaut mieux les isoler ou à la limite, ne mettre ensemble que les pierres de même couleur.