Ce que tu décris me semble normal: la pierre se cristallise petit à petit, et cela laisse des ''lignes'' à l'intérieur, qui révèlent sa structure. On le voit d'autant plus dans les pierres roulées car la structure ne correspond pas forcément à l'aspect extérieur. C'est ce qui reste du clivage naturel de la pierre.
Personnellement, je trouve ça joli, et ça ne pose pas de problème en tout cas.